До прихода в ОАО АФК «Система» с 2009 года Рафаэль Нагапетьянц работал Управляющим директором, Главой инвестбанковского подразделения Societe Generale в России.

C 2005 по 2008 гг. работал в Альфа-банке в качестве Управляющего директора по корпоративным финансам, а также некоторое время возглавлял Инвестиционный комитет. Одновременно, с 2007 по 2009 годы являлся Председателем наблюдательного совета компании Amtel-Vredestein.

С 2001 по 2005 гг. – Директор в фонде прямых инвестиций SUN Capital Partners в России.

С 1994 по 2001 гг. работал в Инкомбанке в качестве Вице-президента, руководителя блока «Инвестиционный и международный бизнес».

В 1991-1993 гг. был Заместителем Председателя Комитета по иностранным инвестициям (позже — Российское агентство международного сотрудничества и развития).

В 1984-1990 гг. прошел путь от эксперта до главного эксперта главного валютно-экономического управления Министерства финансов СССР.

Окончил Московский финансовый институт - факультет международных экономических отношений (1984), юридический факультет Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова (1995), Институт финансов в Амстердаме (Amsterdam Institute of Finance) (1996).

Доктор экономических наук.